Tuy nhiên, một số người đời sau cho rằng câu chuyện này có phần thêu dệt, chuyện nêu lý do công chúa phải lên giàn hỏa chỉ là cớ do sách Việt sau này viết thêm.

Theo tiến sĩ Po Dharma, Huyền Trân công chúa không thể hội đủ điều kiện để xin lên giàn hỏa thiêu vì nếu theo truyền thống Champa xưa, đây là một vinh dự và chỉ có Vương hậu chính thức mới được phép hoả thiêu trên giàn hỏa thiêu với chồng của mình[5][9][10]. Trong kinh điển theo đạo Bà La Môn đều không nhắc đến tục lệ này của người Champa, chưa chắc đã có tục lệ như thế. Cho dù có tục lệ đó đi nữa, thì việc hỏa táng phải tổ chức trong vòng 7 ngày sau khi chết, vì khí hậu nhiệt đới không cho phép bảo quản thi hài được lâu hơn, đến khi tin đưa về Đại Việt và dù Trần Khắc Chung có lên tàu sang ngay cũng không thể nào kịp, trong điều kiện giao thông thời đó [11]. Chuyện Trần Khắc Chung tư thông với Huyền Trân có thể là vì bị gièm pha, đồn thổi vì sự chênh lệch tuổi tác quá lớn và Trần Khắc Chung được tiếng đạo đức, trên tàu còn rất nhiều người khác cùng đi, như là An Phủ Sứ Đặng Vân (Đặng Thiệu), không dễ dàng hành động [12][13].

• Sử thần Ngô Sĩ Liên trong Đại Việt Sử ký Toàn thư chê trách chuyện này:

Ngày xưa Hán Cao Hoàng vì nước Hung Nô nhiều lần làm khổ biên cương, mới lấy con gái nhà dân làm công chúa gả cho thiền vu. Kết hôn với người không cùng giống nòi, các tiên nho đã từng chê trách, song dụng ý là muốn binh yên, dân nghỉ, thì còn có thể nói được. Nguyên Đế thì vì Hô Hàn sang chầu, xin làm rể nhà Hán, nên lấy nàng Vương Tường mà ban cho, cũng là có cớ. Còn như Nhân Tông đem con gái gả cho chúa Chiêm Thành là nghĩa làm sao? Nói rằng nhân khi đi chơi đã trót hứa gả, sợ thất tín thì sao không đổi lại lệnh đó có được không? Vua giữ ngôi trời mà Thượng hoàng đã xuất gia rồi, vua đổi lại lệnh đó thì có khó gì, mà lại đem gả cho người xa không phải giống nòi để thực hiện lời hứa trước, rồi sau lại dùng mưu gian trá cướp về, thế thì tín ở đâu [14]

• Theo Phạm Văn Sơn trong Việt sử toàn thư:

Duy việc Trần Khắc Chung lập mưu đưa Huyền Trân trở về nước sau khi Chiêm Vương qua đời, dù muốn sao ta cũng phải nhận là một việc bất tín đối với Chiêm Thành. Thì phản ứng của nước Chiêm là lẽ dĩ nhiên và chính đáng. Còn người Việt đã thắng một canh bạc không lương thiện lắm lại còn ra bộ não nùng xót xa … [15].

• Trích lưu bút của bà Trương Mỹ Hoa, nguyên phó Chủ tịch nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam lưu tại điện thờ Huyền Trân Công Chúa, Huế:

Có những vấn đề của phụ nữ phải được giải quyết từ Quốc gia, có những vấn đề của Quốc gia phải giải quyết từ người phụ nữ.